Open Power - la fida di Telethon: rendere fruibili i dati del Fascicolo Sanitario Elettronico (FSE)

La sfida proposta è rendere i dati clinici, genetici e di storia naturale presenti nel Fascicolo Sanitario Elettronico (FSE) fruibili dalla comunità scientifica attraverso la creazione di registri di patologie, preziosi strumenti per accelerare la ricerca sia di base che clinica.

La raccolta dei dati nel FSE è estremamente ricca ma la natura degli stessi è molto eterogenea e non sono disponibili procedure informatiche che consentano in modo automatico il recupero di questi dati (data mining) e la loro migrazione verso i registri di patologia. La sfida è sviluppare un software che riesca ad estrarre i dati non strutturati contenuti nel FSE (prevalentemente composto di referti di visite medico-diagnostiche su file .pdf), mapparli rispetto alle variabili raccolte dai registri di patologia e quindi trasformali in dati strutturati e “machine readable” che auto-compilino la scheda paziente all’interno del registro di patologia rilevante.

Il successo della soluzione proposta dipenderà da due indicatori principali: precisione dell’estrazione dei dati e completezza dei dati estratti. Per precisione nell’estrazione dei dati si intende la capacità dello strumento di non estrarre dati errati ovvero non inserire nella scheda paziente un dato non corretto (es. “pescare” dal FSE il valore relativo agli eritrociti ed inserirlo nella scheda come leucociti). Il grado di precisione richiesto deve tendere al 100%. La completezza invece si riferisce alla capacità dello strumento informatico di estrarre dal FSE tutti i dati rilevanti che vi sono contenuti. Non ci aspettiamo infatti che il FSE contenga tutti i dati necessari a completare le schede ma tutti i dati che vi sono dovrebbero essere estratti. In questo caso il valore target è dell’80%, ovvero almeno 8 su 10 dati contenuti nel FSE correttamente identificati ed estratti. L’obiettivo quindi è quello di sviluppare uno strumento informatico affidabile per effettuare l’estrazione dei dati contenuti nel FSE in modo strutturato e la mappatura di tali dati rispetto alle schede-paziente dei registri di patologia.

Sino ad oggi i registri di patologia sono stati creati sviluppando sistemi informatici ad hoc e raccogliendo i dati su schede specifiche scollegate generalmente sia dagli ambienti gestionali dei singoli ospedali che da quelli del sistema sanitario regionale. Questo approccio labour-intensive ha finora impedito la creazione di registri per ciascuna delle circa 7000 malattie genetiche censite. Un sistema automatico di estrazione dei dati dal FSE permetterebbe una riduzione dei tempi e dei costi per la creazione e l’aggiornamento dei registri, rendendo quindi possibile allargare, a parità di risorse, il numero di malattie mappate. Nel panorama internazionale non esistono ancora soluzioni di questo tipo anche perché il FSE non è ancora così diffuso. Ciononostante ci sono forti spinte sia alla diffusione del FSE che alla realizzazione di nuovi sistemi informatici, sempre più interoperabili e sofisticati, per la creazione e la gestione di registri. Sarebbe quindi auspicabile che un primo prototipo del software fosse pronto per essere testato entro la fine del 2019.

Oltre alla sfida tecnologica, i 2 principali aspetti da considerare nella realizzazione della soluzione informatica sono:

• deve essere sempre garantita la sicurezza del dato e l’anonimato del paziente nel passaggio dal FSE al registro. I dati devono quindi essere anonimizzati o pseudonimizzati come previsto dalle normative in tema di privacy già in essere o che verranno presto recepite (GDPR, General Data Protection Regulation- Regolamento UE 2016/679).
• non devono rendersi necessarie modifiche sostanziali al fascicolo esistente né azioni aggiuntiva (in termini di data entry) da parte del medico. È invece probabile che il sistema, una volta a regime, evidenzi delle difformità di comportamento tra i medici e questo dato sarà di grande importanza per promuovere un allineamento sostanziale nel comportamento dei clinici.

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Contatti

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